Der Pequot-Krieg war der erste Konflikt der Engländer in Neu-England (Bundesstaaten Massachusetts, Connecticut und Rhode Island) und gegen die Native Americans in diesem Gebiet. Die Pequot-Indianer waren bis 1637 die dominante indianische Macht im Süden von Connecticut. Die Pequot hatten kaum Bündnisse mit anderen Stämmen, und die Narragansett, die Eastern Niantic sowie die Mohegan waren Todfeinde der Pequot.
Ab 1633 begannen die Engländer sich Schritt für Schritt in Teilen von Connecticut anzusiedeln. Eine Pocken-Epidemie reduzierte 1633 den Bestand der Pequot von etwa 8000 auf etwa 4000, andere Stämme wie die Narragansett oder Podunk waren ebenfalls betroffen. Im September 1633 wurde die erste Ortschaft in Connecticut gegründet, Windsor. Vom Sommer 1636 bis April 1637 griffen die Pequot immer wieder das 1635 gegründete Fort Saybrook bei der Mündung des Connecticut River an. Dörfer der Western Niantic und der Pequot wurden von Engländern zerstört. Aufgrund des Angriffs der Pequot auf die Ortschaft Wethersfield am 23. April 1637 erklärten die Ortschaften Hartford, Wethersfield und Windsor im Zentrum und im Norden von Connecticut den Pequot den Krieg. Das Kommando über die Truppen der Engländer hatte Hauptmann John Mason, dessen Kommando aus 77 Soldaten, 60 Mohegan, einer Gruppe Eastern Niantic und etwa 200 Narragansett bestand.
Bei Old Mystic griff die Streitmacht am 26. Mai 1637 eines der beiden befestigten Dörfer der Pequot an und brannte dieses nieder. 400 Pequot kamen um, etwa die Hälfte davon verbrannte im Dorf. Die überlebenden Pequot entschlossen sich ihre Heimat zu verlassen. Die Engländer verfolgten die Pequot erbarmungslos und griffen diese unter anderem beim heutigen Munnacommock Swamp im Südwesten von Connecticut bei Fairfield an. Der Pequot-Häuptling Sassacus wurde von Mohawk-Indianern im Bundesstaat New York erkannt und ermordet.
Im September 1638 ergaben sich viele Pequot den Engländern. Im Vertrag von Hartford 1638 wurden unter anderem die Aufteilung der Pequot unter den Mohegan, Narragansett und Eastern Niantic geregelt. Weitere Pequot wurden bei der heutigen Ortschaft New London angesiedelt. 1646 wurden diese nach Nameag an der Mündung des Mystic River umgesiedelt, später auch bei Noank.
Der Pequot-Krieg führte fast zur völligen Auslöschung der Pequot. Heute betreiben die Pequot-Indianer eines der grössten Casino-Resorts in den Vereinigten Staaten (Foxwood Casinos). Die Pequots leben hauptsächlich in den Reservationen "Lantern Hill" bei Fairfield im Südwesten von Connecticut und in Ledyard im Osten von Connecticut.
Nach der Ankunft der Pilgerväter am 16. Dezember 1620 in Plymouth Harbour an der Ostküste von Massachusetts begannen sich die Engländer schnell im Osten von Massachusetts auszubreiten. Neuengland wurde mehr und mehr bevölkert. Die erste Siedlergeneration hatte im Durchschnitt 8 Kinder pro Familie, und ab den 1660-er Jahren brauchten diese Kinder nun eigene Bauernhöfe. Das für die Landwirtschaft geeignete Land war knapp, nur etwa 20% des gesamten Gebietes eignete sich für den Ackerbau.
King Philip (Metacom) und sein Volk der Pokanocket waren schon in die Gegend des Mount Hope bei der heutigen Ortschaft Bristol in Rhode Island zurückgedrängt worden. Und wohin sich Philip auch wandte, er sah nur Englische Dörfer um sich herum. Im Norden lag die Ortschaft Wannamoisett, im Süden in Rhode Island standen die blühenden Ortschaften Portsmouth und Newport, im Westen lebten die verhassten Narragansett. Nur im Osten waren die Engländer noch nicht, hier lebten die Pocasset unter Häuptling Weetamoo.
Die Biber waren so gut wie ausgerottet, die Wampums waren stark abgewertet worden und schon sehr viel Land war an die Engländer verkauft worden. Der Landhunger der Engländer war gewaltig, der Druck auf die Indianer wurde immer grösser. Einer der grössten Streitpunkte war, dass das viele Vieh der Engländer immer wieder aus den Farmen der Engländer ausbrach und sich am Mais der Indianer gütlich tat.
King Philip bereitete sich auf einen Krieg vor. Philip hatte fast alles Land in seinem Einflussbereich an die Engländer verkauft. Mit dem Erlös kaufte er Gewehre, Munition und Schiesspulver. Letztendlich spielte der Verkauf des Landes keine Rolle für Philip. Nach dem gewonnenen Krieg, so sein Kalkül, würde er sein verkauftes Land wieder zurück erhalten.
1673 hatte es Philip geschafft, jedes Stück Land rings um sein Herrschaftsgebeit herum zu verkaufen.
Am 20. Mai 1675 griffen die Pokanoket die kleine Ortschaft Kickemuit mit 18 Häusern etwa vier Meilen nördlich von Mount Hope an. Angriffe auf Swansea, New Bedford, Taunton, Rehoboth und weitere Ortschaften folgten. Die Engländer waren mehr oder weniger unvorbereitet und konnten (noch) nicht reagieren. Weiter nördlich griffen am 14. Juli die Nipmuk die Ortschaft Mendon im Südosten von Massachusetts an. Jede Siedlung in einer der englischen Kolonien musste über eine 'Garrison' verfügen, in der sich Frauen und Kinder im Falle eines Angriffes zurückziehen konnten und in der Munition aufbewahrt wurde. Meistens bestanden die Gebäude aus Stein und wurden von einer Holzpallisade umgeben.
Ab August 1675 trugen die Nipmuk die Hauptlast des Kampfes. Im Oktober griffen die Nipmuck, Pocumtuck und Norwotock die Ortschaft Hatfield im Zentrum von Massachusetts an. Nachdem die Engländer am 19. Dezember 1675 die bis jetzt neutralen Narragansett südöstlich von Richmond im Süden von Rhode Island überfielen und mehrere 100 Menschen töteten, traten die Narragansett ebenfalls in den Krieg ein.
Schon vor dem Winter 1675 mussten die Indianer den Kampf abbrechen, um Nahrung für den Winter zu beschaffen. Entweder mussten die angelegten Maisfelder geerntet werden oder man machte sich auf die Jagd um mit dem getrockneten Fleisch über den Winter zu kommen. Während des Winters nutzten die Engländer die Pause und rekrutierten mehr Soldaten und bildeten diese aus.
Am 10. Februar 1676 griffen die Nipmuk, Narragasett und Pokanoket wieder die Stadt Lancaster im Osten von Massachusetts an, am 28. März griffen etwa 1500 Native Americans Rehoboth wieder an. Die Indianer gewannen zwar Schlachten, aber den Indianern fehlte es zunehmend an Lebensmitteln. Selbst wenn es ihnen gelungen wäre grosse Maisfelder anzupflanzen, konnten diese erst im Spätsommer geernet werden. Und im Juni wurde die Erdbirnen (Apios americana) ungeniessbar. Die Indianer mussten die Engländer vor dem Beginn des Sommers um Frieden bitten, ansonsten wären diese langsam verhungert. Trotzdem wurden noch im Juni Städte in der Gegend von Plymouth und Rhode Island angegriffen. Nun begann Benjamin Church, ein sehr erfahrerer Kämpfer und Kenner der Native Americans, diese hartnäckig zu verfolgen. Immer wieder gelang es Church und seinen Männern, kleine Gruppen von Indianern gefangen zu nehmen. Das wirkte sich demoralisierend aus auf die Native Americans. Zudem waren jetzt viel mehr englische Truppen aktiv auf der Suche nach Native Americans und griffen auch deren Dörfer an.
Im August 1676 zog sich King Philip mit seinen letzten Gefolgsleuten in die Gegend des Mount Hope zurück. Benjamin Church fand aber den Aufenthaltsort von King Philip in einem nahen Sumpf. Am 12. August 1676 wurde King Philip auf der Flucht vor Church's Männern getötet. Der Krieg war vorbei.
Während des 14-monatigen Krieges kamen 5'000 Menschen ums Leben, mehr als 2/3 davon waren Native Americans. In dieser Statistik sind Hunderte oder sogar Tausende von Native Americans nicht mitgezählt, die als Sklaven verkauft oder verschleppt wurden. Gemessen an der Bevölkerung kostete der Krieg mehr als doppelt so viele Menschenleben wie der Amerikanische Bürgerkrieg und 7 x so viele wie die Amerikanische Revolution.